Welke factoren beïnvloeden de migratie van DNA in een elektroforese?
Hoe groter de moleculen, des te trager ze zullen bewegen (migreren); hoe kleiner de moleculen, hoe sneller ze zullen bewegen. De te scheiden moleculen kunnen bijvoorbeeld eiwitten of DNA-fragmenten zijn. Aanvankelijk werd aardappelzetmeel gebruikt voor de gel, en naar verluidt werkt zelfs aardbeiengelei.
Hoe werkt agarose gel?
DNA met agarose gel elektroforese scheiden, wordt het DNA geladen prefab putjes in de gel en een stroom toegepast. De fosfaat ruggengraat van het DNA (en RNA) molecuul negatief geladen derhalve, wanneer geplaatst in een elektrisch veld wordt DNA fragmenten migreren naar de positively geladen anode.
Hoe kan je DNA in een gel zichtbaar maken?
Deze verzameling van moleculen kan vervolgens zichtbaar worden gemaakt met een kleurstof, waarbij een patroon van streepjes verschijnt. DNA wordt vaak zichtbaar gemaakt met een kleurstof die oplicht onder uv-licht. Ook kunnen fluorescerende labels worden gebruikt om DNA-fragmenten te identificeren.
Welk deel van het DNA is negatief geladen?
Rol in DNA en RNA De fosfaatgroep in fosfodi-esters is negatief geladen (de negatieve lading bevindt zich op de vrije zuurstofatomen). Omdat fosfaatgroepen een pKa-waarde nabij 2 hebben, zijn ze negatief geladen bij pH 7.
Hoe werkt een DNA ladder?
DNA ladders worden gebruikt bij agarose-gel-elektroforese. De ladder wordt toegevoegd aan de agarose-gel als een referentie waar de onbekende DNA-moleculen die getest worden mee vergeleken kan worden zodat een schatting gemaakt kan worden van de grootte van het onbekende DNA. Er bestaan vele soorten DNA-ladders.
Hoe hoger het percentage agarose hoe moelijker de DNA moleculen door de gel gaan?
De concentratie van agarose in een gel zal afhangen van de grootte van de DNA fragmenten worden gescheiden, met de meeste gels tussen 0,5% -2%.